Das Arbeitsprogramm umfasste vier Facharbeitspakete sowie transnationale Kooperationsstrukturen und das Projektsteuerungs- und Koordinationsmodul (vgl. Abbildung rechts). Im Mittelpunkt stand die trans-national zu erarbeitende und zu vereinbarende Strategie über Schritte und Inhalte der Raumplanung bezüglich des vorsorgenden Hochwasserschutzes im Einzugsgebiet. Darauf aufbauend erfolgte die (exemplarische) Umsetzung in Landes- und Regionalplänen innerhalb der Pilotprojekte. Als Grundlage dafür wurden Gefahrenkarten in aus-gewählten Abschnitten der Elbe und einiger Nebenflüsse erarbeitet (Übersichtskarten für den „Elbeatlas“); dies erfolgte in enger Abstimmung mit zahlreichen Arbeiten der IKSE und der Länder und Regionen (vgl. u.a. Aktionsplan der IKSE 2003).
Weitere fachliche Grundlagen wurden für die Festlegung von raumordnerischen Zielen und Grundsätzen aufgearbeitet. Dazu wurden flankierende, in anderen Projekten laufende Arbeiten soweit wie möglich in das Projekt aufgenommen. So sollten diverse Aspekte des vor-sorgenden Hochwasserschutzes in die Raumplanung integriert werden (Risikominderung, Rückhalteräume und Rückhalt auf land- und forstwirtschaftlichen Flächen, Schifffahrt, Kiesabbau). Konzepte für Oberlieger-Unterlieger Probleme einschließlich der Erarbeitung von Ansätzen zum Lastenausgleich wurden ebenfalls mit untersucht.
Die Pilotprojekte wurden in Regionen durchgeführt, die verteilt über das Einzugsgebiet ausgewählt worden sind. Dort wurden die regionalplanerische Umsetzung anhand der übergeordneten Strategie (AP 1), der regional zu differenzierenden Anforderungen (AP 2) sowie der fachlichen Grundlagen und Karten (AP 3) exemplarisch erarbeitet. Ziel der Pilotprojekte war die projektbegleitende Anwendung und Konsensbildung über die Ausgestaltung mit den im regionalen Umfeld relevanten Akteuren. Zur Gesamtabstimmung und Erarbeitung der gemeinsamen Ergebnisse war eine Folge von übergreifenden und regionalen Arbeitsgruppen konzipiert.
